Mustafa Şahin, lisans eğitimini İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde tamamladı. Aynı fakültede 2014 yılında “Katolik Karşı Reformu Olarak Trent Konsili ve Katolik Geleneğe Etkisi” başlıklı teziyle yüksek lisans, 2021 yılında “Solomon Schechter ve Muhafazakâr Yahudilik” başlıklı teziyle doktora derecesini elde etti.

2010 yılından itibaren İstanbul’un çeşitli Selatin Camiileri’nde görev yaptı. 2017-2021 yılları arasında İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde okutman olarak Kıraat dersleri verdi.

2021-2024 yılları arasında Birleşik Krallık’ta Cambridge Central Mosque’da İmam-Hatip olarak görev yaptı. Cambridge Üniversitesi’nde post-doktora çalışmalarını modern Yahudilik alanında sürdürdü.

Akademik serüveni yanı sıra profesyonel olarak dinî ve lâdinî mûsiki ile ilgilenen Mustafa Şahin, yurt içi ve yurt dışındaki pek çok konserde ses icracısı olarak yer aldı. Aynı zamanda Tarab (Türk mûsiki aleti) icra eden Mustafa Şahin, mûsiki çalışmalarını sürdürmektedir.

Mustafa Şahin, halen İstanbul Şehzade Camii’nde görev yapmakta ve modern Yahudi kimliği, Yahudi hukuku ve reform, Amerikan Yahudiliği-Siyonizm ilişkisi vb. alanlarda akademik çalışmalarına devam etmektedir.