İstanbul Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde lisans, yüksek lisans ve doktora eğitimini tamamladı. Post-doktora çalışmalarını modern Yahudilik alanında İngiltere’de, Cambridge Üniversitesi’nde sürdürdü. Dinî ve lâdinî mûsikiyle ilgilenen Mustafa Şahin halen İstanbul Şehzade Camii’nde görev yapmakta ve akademik çalışmalarını sürdürmektedir.